In questa sezione troverete testimonianza delle opere dell'uomo per comprendere il mondo attraverso gli strumenti (la collezione di apparati del Gabinetto di Fisica) o intervenire sull'uomo stesso per alleviarne la sofferenza (collezione di strumenti chirurgici) o controllare e annotare l'andamento del tempo (stazione meteorologica della Specola).

Sono espressione insomma non solo dell'aspirazione a conoscere la natura, ma in qualche misura ad averne padronanza, a conoscerne le leggi, i meccanismi per poterla modificare o per proteggersi da essa.

Discorso a parte merita la Torre dell'Orologio, che segna l'ora di Mantova dal 1473 (con alcune interruzioni).

La prima versione dell'orologio aveva finalità più astrologiche che non cronometriche, tanto è vero che il tempo era segnato da una sola lancetta. Sul finire del XV secolo il concetto di puntualità era molto relativo.

Tra il 1700 e il 1800 l'orologio subì diverse modifiche tutte tese ad affinare la misura del tempo, sia con l'inserimento del pendolo come regolatore, sia con l'introduzione della lancetta dei minuti.